Ensemble contrasté

Hérédité (2023)Citer cet article

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Les génomes capturent l’histoire adaptative et démographique d’une espèce, mais le choix de la stratégie de séquençage et la taille de l’échantillon peuvent avoir un impact sur ces inférences. Nous avons comparé les approches de séquençage du génome entier et de représentation réduite pour étudier les signaux démographiques et adaptatifs de la population de la chèvre de montagne nord-américaine (Oreamnos americanus). Nous avons appliqué l'approche de séquençage de l'ADN associé au site de restriction (RADseq) à 254 individus et l'approche de reséquençage du génome entier (WGS) à 35 individus de l'aire de répartition des espèces à couverture moyenne (9X) et à 5 individus à couverture élevée (30X). Nous avons utilisé l'ANGSD pour estimer les probabilités du génotype, la taille effective de la population (Ne), la structure de la population, et modélisé explicitement l'histoire démographique avec δaδi et MSMC2. Les ensembles de données concordaient globalement en soutenant une vicariance induite par les glaciers et un Ne extrêmement faible chez les chèvres de montagne. Nous avons évalué un ensemble de variables climatiques et de localisation géographique en tant que prédicteurs de la diversité génétique à l'aide d'une analyse de redondance. Une proportion modérée de la variance totale (36 % pour les ensembles de données WGS et 21 % pour les ensembles de données RADseq) était expliquée par les variables géographiques et climatiques ; les deux ensembles de données soutiennent un impact important de la dérive et un certain degré d'adaptation locale. Les similitudes empiriques de WGS et de RADseq présentées ici suggèrent de manière rassurante que les deux approches permettront de récupérer d'importants signaux démographiques et adaptatifs dans une population ; cependant, WGS offre plusieurs avantages par rapport à RADseq, tels que la déduction de processus adaptatifs et le calcul d'estimations d'homozygotie. Compte tenu des changements induits par le climat dans les environnements alpins et de la pauvreté génétique de la chèvre de montagne, les capacités d’adaptation à long terme de cette espèce énigmatique sont discutables.

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Les données brutes de séquence d'ADN ont été déposées au SRA sous les numéros d'accès PRJNA510081, PRJNA909333, PRJNA909334.

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